Le 8 juin, lors de la deuxième audience préliminaire du procès Khodorkovski, le Tribunal Meshchanski de Moscou a pour la première fois pris une décision correspondant à la décision de la défense.
Il s'agit de la réunion de deux affaires – celle de Platon Lebedev et celle de Mikhail Khodorkovski et Andreï Kraïnov (il s'agit de l'ex PDG de l'entreprise Volna, premier acquéreur des actions de l'entreprise APATIT, et dont Platon Lebedev s'était porté garant lors de l'opération d'acquisition de ses actions). La demande en avait été faite en premier par les avocats de Lebedev, puis par les avocats de Khodorkovski. Le procureur Chokhin, qui était jusque là opposé à la fusion des dossiers, n'a pas cette fois-ci émis d'objection.
Selon les avocats de la défense, il s'agit avant tout d'une question de bon sens – ils aurait été en effet difficile de mener simultanément mais séparément ces deux procès, dans le même bâtiment, avec les mêmes témoins… Cela présente pour eux l'avantage de permettre aux deux accusés de témoigner ensemble, d'accorder leurs dépositions, et tout simplement de se soutenir moralement l'un l'autre...
Le procès sera mené collégialement par trois juges, dont Irina Kolesnikova, qui devait initialement être seul juge dans le procès Khodorkovski. Cela correspond à le demande de Platon Lebedev, qui a estimé qu'un collège de trois juges avait des chances d'être plus objectif et moins influençable qu'une seule personne.
Enfin, il a été décidé que les audiences du procès seraient publiques, ce qui correspond à la demande de la défense, des ONG et, on s'en souvient, au souhait du président russe lui-même.
L'audience préliminaire s'est quant à elle déroulée à huis-clos.